Batuan Penutup (overburden) merupakan batuan yang harus disingkirkan agar bijih yang ditambang dapat dijangkau dan diproses untuk memperoleh logam bagi keperluan komersial. PTFI menangani materi tersebut sesuai Rencana Pengelolaan Batuan Penutup yang telah disetujui oleh Pemerintah Indonesia. Banyak logam terjadi di alam dalam bentuk mineral sulfida. Ketika bijih ditambang dan batuan penutup yang mengandung sulfida terpapar terhadap alam terbuka, maka air, oksigen dan bakteri yang berada di alam bereaksi hingga berpotensi menimbulkan larutan asam belerang. Air asam tersebut dapat melarutkan logam yang terkandung di dalam batuan penutup dan menimbulkan dampak lingkungan yang buruk terhadap sistem saluran air apabila tidak dikelola dengan baik. Proses tersebut dikenal dengan nama air asam tambang.

Perusahaan menerapkan suatu penilaian resiko formal yang terfokus pada pengelolaan batuan penutup dan sirsat. Prosedur Operasional Baku (SOP) telah dikembangkan dan diimplementasikan berdasarkan penilaian resiko tersebut.

Sesuai Rencana Pengelolaan batuan penutup yang telah disetujui pemerintah, PTFI menempatkan batuan penutup pada areal-areal terkelola di sekitar tambang terbuka Grasberg. Air asam tambang ditangkap dan diolah atau dinetralisasi bersamaan dengan upaya pencampuran batu gamping dan capping timbunan batuan penutup.

Tanaman alpin berbunga Anaphalis hellwigii (Eidelweiss Papua), yang bernama Kawini dalam bahasa Amungme setempat, merupakan satu dari puluhan spesies asli yang dilestarikan dan ditanam kembali di daerah pengelolaan batuan penutup yang sudah dapat menjalani reklamasi.